乌克兰国家工程院包括：
院士大会;
审计委员会；
主席团；
区域办事处；
科学和技术部门；
研究和其他科学技术组织。
院士大会是乌克兰国家工程院的最高管理机构。
院士大会由正式成员（院士）、通讯院士、名誉院士和外籍院士组成，根据需要召开，但每年不少于一次。临时院士大会可由主席团决定或应至少三分之一的院士成员的要求召开。需要至少有一半的院士成员出席，大会才有效。院士会员因各种情况不能出席院士大会的，可以委托其他院士参加并投决定票。大会上的问题由出席大会的四分之三的院士成员以简单多数票决定，并决定通过章程、修订章程、自我解散和重组学院。所有问题均以无记名投票方式解决。
院士大会拥有以下专有权：
通过章程及其修正案；
确定工程院的结构；
院士、通讯院士、名誉院士和外籍院士的选举；
选举工程院院长、副院长、首席科学秘书、主席团成员和审计委员会成员；
工程院自行解散和改组的决策；听取和批准学院主席团和审计委员会的报告；
工程院的名义奖品、奖学金和奖项的机构。
院士大会以决议（会议记录）形式对所有问题作出的决定是直接行动的行政文件。
工程院审计委员会是控制和审计单位的财务和经济活动的机构。
审计委员会从工程院成员中选举产生。其活动受院士大会批准的《审计委员会条例》的约束。审计委员会至少每年向院士大会报告一次其活动。工程院的领导，其结构分支机构有义务应审计委员会的要求提供有关工程院活动的所有必要信息。
院长是工程院的最高领导，从工程院的正式成员中选出。主席对工程院的活动进行全面管理，监督工程院完成法定任务，并在没有授权的情况下代表工程院在乌克兰和国外的所有国家机构、企业、组织、机构中任职。主席主持全体院士大会，提名主席团候选人，管理主席团的当前活动，并签署决定和学院的其他正式文件。
1、在工程院章程和法律规定的范围和方式内处置工程院的财产和资金；
2、解决工程院的金融和经济活动问题；
3、以法律规定的方式代表工程院在银行开设活期账户和存款账户；
4、聘用和解聘工程院主席团工作人员，确定其工作职责，给予奖励和处罚；
5、在其权力范围内发布命令和指令。
主席团是工程院在院士大会之间的管理机构。主席团从工程院成员中选举产生，由院长、副院长、首席科学秘书和其他主席团成员组成，人数由院士大会决定，任期5年。主席团由工程院全体会议以无记名投票方式多数票选出。经至少 1/3 院士的要求，院士大会可以以无记名投票的多数票方式，考虑终止个别院士和整个主席团，选举新院士或主席团，整体上符合《规约》。主席团在任期届满后每五年向院士大会报告一次其活动。
主席团：
召开全体会议；
确定研发工作的优先领域，批准科技计划；
协调应用研究的实施，采取措施确保其在生产中的实施；
决定按规定方式设立为履行工程院法定任务而设立的研究机构和企业，确定其活动的主要方向；
计划财务活动并批准工程院的年度预算，控制支出的正确性；
批准主席团职工的人员编制和报酬数额；
批准学部主席、分支机构代表、期刊主编等职务；
召开院士大会和会议；
批准工程院的出版物计划并监督其实施；
计划和执行工程院的国际关系；
提名乌克兰国家奖，授予工程院杰出人员各种奖励；
批准印章、商标和标志、表格、印章和工程院其他细节的样本。
主席团在其会议上决定与其权限有关的问题，会议在主席团半数以上成员出席的情况下有效，决定是由多数票做出的，如果出现平局，主席的投票是决定性的。院士大会根据需要召开，但每年至少召开一次。
成立由院长、副院长和首席科学秘书组成的学院主席团主席团，在主席团会议之间作出合议指导性决定。主席团代表工程院作出决定，主席团在其例会上通报决定。
主席团的执行机构是主席团的工作人员，工作人员的管理委托给首席科学秘书。
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